국방부를 향해 군의 근본적인 체질 개선을 요구하는 강력한 권고안이 제시됐다. 민관군 합동 특별자문위원회는 위법한 명령에 대한 군인의 거부권을 법적으로 보장하고, 군 사법 시스템을 전면 개편해야 한다는 내용을 핵심으로 하는 개선안을 보고했다. 이는 군 내부의 헌법 가치를 바로 세우고, 과거와 같은 불법적 상황의